Bệnh viện Y học cổ truyền, tiền thân là bệnh viện Đông y tỉnh Cao Bằng được thành lập vào ngày 28 tháng 02 năm 1967 , theo Quyết định số 200/TC-DC ngày 28 tháng 02 năm 1967 của Uỷ ban hành chính tỉnh Cao Bằng đến nay vừa tròn nửa thế kỷ. Ra đời giữa lúc cuộc kháng chiến chống Mỹ ở giai đoạn quyết liệt, lớp lớp các thế hệ thầy thuốc của bệnh viện nỗ lực cố gắng vươn lên hòa nhịp bước cùng những thăng trầm lịch sử hào hùng của dân tộc. Từ chiến tranh sang thời bình rồi bước vào thời kỳ đổi mới, trong mọi giai đoạn Bệnh viện luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ mà Đảng, nhà nước và nhân dân giao phó, trở thành điểm sáng của ngành y tế tỉnh nhà.

          -  Năm 1967 Bệnh viện được thành lập với biên chế ban đầu là 4 cán bộ, cơ sở vật chất chỉ là nhà tranh vách đất có 1 phòng khám ngoại trú tại nơi sơ tán Phia Tráng, xã Đức Long Huyện Hòa An.

          - Đến năm 1968 bệnh viện Đông y chính thức có con dấu riêng, hoạt động độc lập, có phòng khám bệnh, 6 giường bệnh nội trú và khoa Dược. Tháng 7 năm 1968 bệnh viện chuyển về Nà Gà – xã Tân An, thị xã Cao Bằng có 12 cán bộ nhân viên và số giường bệnh nội trú lên 16 giường.

          - Năm 1970 bệnh viện được chuyển về tiếp quản cơ sở vật chất của Phòng Y tế thị xã tại khu Tân An ( Thị xã Cao Bằng), gồm 3 ngôi nhà cấp bốn 12 gian, lợp ngói, vách đất. Qui mô giường bệnh là 30 giường.

          - Năm 1976-1978 bệnh viện được cấp kinh phí đầu tư sửa chữa, mở rộng bệnh viện, qui mô giường bệnh được nâng từ 30 lên 50 giường.

          - Năm 1979 chiến tranh biên giới phía Bắc nổ ra cơ sở vật chất của bệnh viện bị thiệt hại khá nặng nề, sau khi địch rút bệnh viện lại tiếp tục mở cửa tiếp đón bệnh nhân trong điều kiện cực kỳ thiếu thốn, khó khăn chồng chất cán bộ bệnh viện vừa làm công tác chuyên môn vừa thay phiên nhau trực chiến. Đến năm 1980 mọi hoạt động của bệnh viện đã trở lại bình thường.

- Tháng 12 năm 1980 bệnh viện được đổi tên thành bệnh viện y học dân tộc tỉnh Cao Bằng.

          - Từ năm 1981-1985 Tổ chức bộ máy của bệnh viện được hoàn thiện gồm Ban giám đốc bệnh viện và 7 khoa phòng qui mô giường bệnh vẫn là 50 giường

          - Tháng 5 năm 1999 bệnh viện chuyển ra địa điểm hiện nay thuộc Phường Tân Giang Thành phố Cao Bằng. Tháng 4 năm 1999 Bộ y tế thống nhất đổi tên bệnh viện y học dân tộc thành bệnh viện y học cổ truyền đến nay.

          Trải qua 50 năm xây dựng và trưởng thành, mặc dù gặp rất nhiều khó khăn, thiếu thốn từ chỗ chỉ là một khoa với vài cán bộ đến nay Bệnh viện YHCT Cao Bằng đã là bệnh viện hạng II, qui mô giường bệnh là 150 giường với 4 phòng chức năng và 10 khoa với 130 cán bộ viên chức. Với định hướng phát triển Bệnh viện Y học cổ truyền theo hướng đa khoa, Bệnh viện đã kết hợp hài hòa Y học cổ truyền với Y học hiện đại, ứng dụng các kỹ thuật y học hiện đại tiên tiến như cắt trĩ bằng máy, X quang, điện tim, siêu âm màu,  sử dụng Laze, điện từ trường, sóng ngắn, tần phổ, hồng ngoại …trong điều trị, từng bước vững chắc nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, điều trị có hiệu quả các bệnh tăng huyết áp, rối loạn lipit máu, xơ vữa động mạch, thoái hóa khớp, viên đa khớp, di chứng tai biến mạch máu não, đau thần kinh số V, VII, hông to, sơ gan, sỏi thận… Sưu tầm và bảo tồn được nhiều bài thuốc quý trong dân gian. Sử dụng nhiều dược liệu địa phương để sản xuất thuốc y học cổ truyền phục vụ công tác khám chữa bệnh, đồng thời khuyến khích nhân dân nuôi trồng và bảo tồn dược liệu quý tại địa phương góp phần phát triển kinh tế xã hội của tỉnh. Với đội ngũ cán bộ có trình độ chuyên môn vững vàng, nhiều bài thuốc hay, nhiều phương thuốc quý bệnh viện với tấm lòng “lương y như từ mẫu” Bệnh viện đã tạo dựng được uy tín cao trong công tác khám chữa bệnh và thực sự trở thành một bệnh viện hàng đầu về Y học cổ truyền của ngành y tế Cao Bằng, được nhân dân tin tưởng và được Đảng, Nhà nước ghi nhận: Được Chủ tịch nước cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam tặng danh hiệu” Đơn vị Anh hùng trong thời kỳ đổi mới 2005, Huân chương lao động hạng ba (1986) Huân chương lao động hạng Nhì (1997), Huân chương lao động hạng nhất (2002) và  Huân chương Độc lập hạng ba (2012).